19. yüzyılda, gayrimüslimlerin camileri gezmelerine dair izin çıktıktan sonra Osmanlı veya Yunanistan vatandaşı olan Ortodoks Rumlar, Ayasofya'ya yönelik eylemlere başlamışlardı. Rumlar'ın Ayasofya'da uygunsuz hareketlerde bulunmaları Osmanlı yetkililerini ve özellikle devrin padişahı Sultan İkinci Abdülhamid'i harekete geçirdi. Uğur Demir, arşiv belgelerine dayalı bir araştırmasında bu konuyu şöyle anlatır:
'GÖREVLİLER REFAKAT ETSİN'
"Rumlar'ın, Ayasofya Camii'ndeki çirkin hareketlerine dair dikkatleri, Sultan İkinci Abdülhamid 20 Mart 1887 tarihli iradesiyle çekti. Evkaf Nazırı, yani Vakıflar Bakanı Mustafa Efendi'ye hitaben yazılan İkinci Abdülhamid'in iradesinde, 'Ziyaret için Ayasofya Camii'ne giden bazı Rum ve Yunanlılar'ın ikinci kata çıkarak duvar ve direklerin üzerlerine kötü niyetlerini gösteren birtakım ibareler yazdıklarını ve şekiller çizdiklerini haber aldığını; bu yazı ve resimlerin binaya zarar vermeden temizlenmelerini; bundan sonra bunun gibi uygunsuz davranışları engellemek için gerek Ayasofya Camii'ni ve gerek diğer mukaddes mekânları ziyaret edenlerin yanlarında hizmetlilerden birkaç kişi bulunması gerektiğini, gerekli olan diğer tedbirleri de ihtiva eden bir talimatname hazırlanmasını ve bu talimatnamenin hükümlerinin aksatılmadan yerine getirilmesini' emrediyordu.
CAMİ GEZME TALİMATNAMESİ
Sultan İkinci Abdülhamid'in iradesini alan Evkaf Nazırı Mustafa Efendi, 11 gün sonra yani 31 Mart 1887'de cevabi bir rapor yazdı. Raporda, sultanın iradesinde anlattıklarının aslında daha önce kendisi tarafından da haber alındığını, bunun üzerine bizzat Ayasofya Camii'ne giderek yerinde incelemelerde bulunduğunu ve gerçekten de caminin duvarlarına resimler çizilip yazılar yazıldığını haber veriyordu. Raporun devamında bu tür resim ve yazıların yeni olmadıkları, 30-40 senedir bu tür şeylerin caminin duvarlarına yapıldığının anlaşıldığını anlatıyordu.
Evkaf Nazırı Mustafa Efendi raporuna bundan sonra neler yapılması gerektiğini sıralayarak son veriyor ve şunları tavsiye ediyordu: Hemen memurlar görevlendirilmeli ve ziyaretçiler tarafından cami duvarına yapılan resimlerle yazılan yazılar camiye zarar vermeden temizlenmelidir. Bundan sonra cami ancak hizmetlilerin nezaretinde gezilmeli ve İstanbul'daki yabancı ülke elçileri gibi özel misafirler haricindeki ziyaretçilerin caminin her tarafını gezmesine izin verilmemelidir. Üçüncü ve son olarak Ayasofya Camii gibi mukaddes mekânların nasıl gezeceğine dair bir talimatname hazırlanmalıdır.
Evkaf Nazırı Mustafa Efendi, raporunun ardından kısa bir sürede 'İstanbul'da Ayasofya, Küçük Ayasofya, Kariye camileri gibi, gayrimüslim halkın ziyaretleri esnasında dini âdâba riayet etme yanında, bu mekânların zarar görmemesi için dikkatli davranılması' için bir talimatnameyi de hazırlattı ve Sultan İkinci Abdülhamid'e sundu.
Talimatname yayınlandıktan sonra Ayasofya Camii ve mukaddes mekânlarda fazla bir problem yaşanmadı. İlerleyen zamanlarda ise daha çok ziyaretçileri gezdiren görevlilerin görevlerini kötüye kullanmaları ve haksız yere para talep etmelerine dair şikâyetler gündeme geldi".
AZ KALSIN YUNANİSTAN'LA AYASOFYA KRİZİ ÇIKACAKTI
1888'de
Ayasofya ile ilgili çok ilginç bir olay yaşandı. Anastasyos Vareyetsi isimli bir Yunan, İkinci Abdülhamid'e Ayasofya Camii'nin kiliseye çevrilip Yunanlar'a teslim edilmesini talep eden bir mektup gönderdi. Sultan, bu mektup üzerine Atina Elçisi Mehmed Feridun'dan Anastasyos'u araştırmasını istedi. Uğur Demir, arşiv belgelerine dayalı bir araştırmasında bu ilginç olayı şöyle anlatır: "Osmanlı diplomatları olayı araştırmaya başlamadan mektup, Navarin gazetelerinden İpinekorsis'te yayınlandı. Gazete bu mektubu dalgaya alarak, 'Artık Şark Meselesi Bitti' başlığı ile yayınlamıştı. Ancak Atina elçimiz, alaycı bir yazı bile olsa gazetede çıkan haberi görünce, Anastasyos'u araştırmaya başladı. Araştırma sonucunda, Anastasyos'un akli dengesinin pek yerinde olmadığını ve çevresi tarafından hafife alındığını öğrendi. Bu sırada, İkinci Abdülhamid'in, Anastasyos hakkında bir araştırma yapmasını emreden 5 Şubat 1888 tarihli iradesi elçiliğe geldi. Atina Sefiri, bunun üzerine yeni bir araştırma daha yaptı.
Elçimiz, o günlerde Yunanistan başbakanı ile karşılaştı ve konuşma sırasında İpinekorsis Gazetesi'nde yayınlanan haber hakkında ne düşündüğünü sordu. Yunan Başbakanı Harilaos Trikupis de elçimize, 'Bu tür haberler Yunan halkını etkilemez. Anastasyos Vareyetsi'yi asla tanımam ve hükümetimizle bir irtibatı yoktur. Gerek kralımız Birinci George gerek de hükümetimizin amacı iki ülke arasında olan iyi komşuluk ilişkilerini geliştirmek ve buna hizmet edecek her fırsatı en iyi şekilde değerlendirmektir' diye cevap verdi.
Atina elçimiz, başbakanın cevabına rağmen araştırmalarına devam edince Anastasyos'un mektubunu Atina gazetelerinin neşretmeyi kabul etmediklerini öğrendi. Bu bilgi üzerine elçimiz, İstanbul'a gönderdiği 24 Şubat 1888 tarihli raporunun sonunda, 'Atina gazeteleri, Osmanlı Devleti'ne dair haberlerden bahsetmelerine rağmen İpinekorsis Gazetesi'nin Anastasyos'la ilgili haberine hiç değinmemeleri bu şahsın Atina'da kimse tarafından ciddiye alınmadığının göstergesidir' yorumunda bulundu.
Mesele, Yunanistan Başbakanı Trikupis'in alttan almasıyla iki ülke arasında diplomatik bir krize dönüşmeden kapandı".