12-13 Nisan 2010'da Washington'da düzenlenen Nükleer Güvenlik Zirvesi'nde Türkiye'yi temsil etti. Mart 2008'den Şubat 2011'e kadar Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi Mütevelli Heyeti'nde yer aldı. TİKA Başkanlığı ve Başbakanlık Müsteşar Yardımcılığı makamlarında sergilediği başarılı performansının yanında istihbarat alanındaki bilgisiyle de dikkat çeken Fidan, 17 Nisan 2009'da, dönemin MİT Müsteşarı Emre Taner'in yardımcılığına getirildi. Daha önce görev süresi iki kez uzatılan Taner'in emekli olmasının ardından, AK Parti hükümeti tarafından 27 Mayıs 2010 tarihinde, henüz 42 yaşındayken, MİT Müsteşarlığı makamına atandı. Fidan böylece MİT tarihinde müsteşarlık koltuğuna oturan en genç isim oldu.